容器必须密封，防止与空气中的水分接触，常用玻璃瓶或耐腐蚀的塑料桶储存。 存储区应配备合适的应急处理设备，如防护服、手套和呼吸器，以应对可能的泄漏或溅出。 氯化亚砜是一种有毒化学品，对人体有强烈的刺激性和腐蚀性。 吸入其蒸气可引起灼伤，接触皮肤和眼睛可能导致严重灼伤。 因此，在使用和处理氯化亚砜时，必须穿戴适当的防护装备，工作场所应有良好的通风设备。

有机合成：氯化亚砜是一种常用的氯化试剂，能够将醇、酚、胺等化合物转化为相应的氯化物，特别是在合成酰氯和磺酰氯方面具有重要作用。例如，它可以将羧酸和醇转化为酰氯和氯化烃，反应产物易于分离，反应条件温和。
农药生产：氯化亚砜在农药行业的应用占其总消费的50%。它用于生产多种农药，如抗倒胺、戊菊酯、氰戊菊酯等。这些农药在农业中用于防治害虫和病害，具有重要的经济价值。
医药和染料工业：氯化亚砜也用于医药和染料的生产，帮助合成各种药物和染料中间体。
实验室应用：在实验室中，氯化亚砜常用于制备氯化氢气体和二氧化硫，因其反应过程简单且条件温和。